El lago Puyehue y el territorio adyacente fueron descubiertos por los primeros conquistadores españoles que pisaron el sur chileno. En 1553 Francisco de Villagra alcanzó a reconocer por primera vez los lagos Puyehue y Rupanco.
La población indígena mapuche de la zona de Puyehue era escasa. No obstante hubo relación e influencia con los indios poyas y puelches que habitaban en el sector oriente de la cordillera de Los Andes.
Se supone que en el valle del río Gol - Gol existieron los lavaderos de oro de Puyehue, ya que a fines del siglo pasado fueron encontradas grandes excavaciones, que indicaban haber sido hechas por indígenas al servicio de los españoles.
En el sector Anticura se ubica el Salto del Indio, cascada cuyo nombre proviene de una leyenda que dice que un Indio que trabajó en las minas, se escondió de los españoles bajo la cortina de agua, logrando así su libertad.
Fue en el año 1900 cuando comenzó la llegada de los pobladores al área del Parque, utilizándose pequeños vapores para el transporte por el lago Puyehue.