El Parque está inserto en un área de larga tradición cultural iniciada tempranamente, luego que cazadores - recolectores recorrieran esta zona durante varios milenios, prueba de ello son los registros fósiles encontrados en el sector Las Cuevas, que datan de 9.000 años atrás y que corresponden a restos de fogatas dejadas en el sector.
El dominio incaico influyó notablemente en las comunidades residentes imponiéndoles su organización socio - política, basada en los Ayllus o asociaciones de parientes con un centro geográfico en común. Esta organización se mantiene hasta nuestros días.
Los lugares arqueológicos más relevantes son: Tambo de Chungará, Refugio Rocoso, Las Cuevas y Chacus Incaico.
Entre los lugares históricos se destacan: El pueblo e Iglesia de Parinacota, consistente en un conjunto arquitectónico indígena - colonial, que data del siglo XVII y que está construido con materiales volcánicos; el poblado de Chucuyo cuyas casas son de adobe con techo de paja y las estancias de Chungará, Ajata y Cruzane, pequeños caseríos correspondientes al territorio de una familia o linaje.